Pemilik media pembawa (MP) atau kuasanya menyampaikan laporan pengeluaran MP dengan mengisis formulir kepada petugas karantina tumbuhan melalui counter yang tersedia. Untuk jenis-jenis komoditas tertentu, laporan harus dilampiri dengan dokumen sebagai berikut:
1. Lembar Asli Surat Izin Pengeluaran dari Menteri Pertanian/ Kehutanan (Khusus untuk pengeluaran bibit tanaman tembakau. Agave, abaca, kopi, kelapa sawit, kakao, tebu, karet, teh, kina, rauwolfia, cover crops, cengkeh, pala, lada, kelapa, raflesia, anggrek alam, beberapa spesies tanaman hutan)
2. Copy Sertifikat CITES yang dilegalisir oleh Departemen Kehutanan untuk jenis tumbuhan yang dilindungi.
Petugas counter membukukan laporan pemasukan ke dalam buku agenda serta dilanjutkan dengan pemeriksaan kelengkapan, kebenaran, serta keabsyahan dokumen persyaratan oleh Petugas Karantina tumbuhan.
Jika dokumen persyaratan tidak lengkap maka pemilik komoditas atau kuasanya harus melengkapinya terlebih dahulu dan kepadanya akan diberikan Surat Pemberitahuan untuk Melengkapi Dokumen Persyaratan Karantina Tumbuhan. Laporan pengeluaran MP tersebut akan diproses lebih lanjut setelah dokumen persyaratan dipenuhi.
Apabila dokumen persyaratan tidak dapat dilengkapi dalam waktu 14 hari, maka terhadap MP tersebut akan dilakukan penolakan untuk diekspor dan kepada pemilik MP atau kuasanya diberikan surat penolakan. Apabila semua dokumen persyaratan dapat dilengkapi maka terhadap MP yang akan diekspor dilakukan pemeriksaan fisik/kesehatan yang dilanjutkan dengan tindakan karantina tumbuhan lain yang diperlukan.