Melalui Peraturan Presiden nomor 45 Tahun 2023, Pemerintah secara resmi membentuk Badan Karantina Indonesia sebagai Lembaga Pemerintah Non Kementerian yang melaksanakan tugas pemerintahan di bidang Karantina Hewan, Ikan dan Tumbuhan sebagaimana tercantum pada pasal 1 ayat 1 beleid tersebut. Pembentukan Badan Karantina Indonesia merupakan pelaksanaan dari ketentuan pasal 336 Peraturan Pemerintah Nomor 29 tahun 2023 tentang Peraturan Pelaksanaan Undang-undang Nomor 21 Tahun 2023 tentang karantina Hewan, Ikan, dan Tumbuhan.

Sebagai lembaga yang baru dibentuk, tentunya Badan Karantina Indonesia membutuhkan sumberdaya manuasia untuk menjalankan operasional tugas dan fungsinya. Dalam Perpres 45 tahun 2023 dijelaskan bahwa Sumberdaya Manusia Badan Karantina Indonesia dialihkan dari Pegawai Badan Karantina Pertanian Kementerian Pertanian serta Kementerian Kelautan dan Perikanan yang melaksanakan fungsi Perkarantinaan. Dalam perjalanannya, Pegawai Karantina Indonesia selain dari dua Kementerian yang disebut terdahulu juga ada yang berasal dari Kementerian/Lembaga yang lain seperti Kementerian Koordinator Kemaritiman dan Investasi, Lembaga Kebijakan Pengadaan Barang/Jasa Pemerintah dan lainnya.

Pegawai yang dialihkan ke Badan Karantina Indonesia, berdasarkan pasal 49 Perpres 45 tahun 2023 memiliki hak keuangan sesuai dengan yang diterima pada Kementerian asal sebelum diterbitkannya peraturan tentang hak keuangan dan fasilitas pegawai pada Badan Karantina Pertanian. Dengan ketentuan ini, pegawai Badan Karantina Indonesia menerima Tunjangan Kinerja sesuai aturan di Kementerian asalnya. Karena perbedaan regulasi yang menjadi dasar pembayaran tunjangan kinerja maka terdapat beberapa jabatan yang sama tetapi memperoleh tunjangan yang berbeda karena berasal dari Kementerian yang berbeda. untuk menyelesaikan masalah tersebut Pemerintah telah menerbitkan Peraturan Presiden nomor 73 Tahun 2025 tentang Tunjangan Kinerja Pegawai di Lingkungan Badan Karantina Indonesia pada tanggal 18 Juni 2025.

Dengan terbitnya beleid tersebut, ke depannya seluruh Pegawai Badan Karantina Indonesia memiliki dasar hukum yang sama dalam pembayaran Tunjangan Kinerja. Namun beleid ini baru bisa diopersionalkan setelah diterbitkannya Peraturan badan Karantina Indonesia yang mengatur ketentuan teknis pembayarannya antara lain mengatur kelas jabatan pada setiap jabatan yang ada di Badan Karantina Indonesia.

Perpres 73 Tahun 2025 tentang Tunjangan Kinerja Pegawai di Lingkungan Badan Karantina Indonesia dapat di dowload di sini.