Pemilik media pembawa (MP) atau kuasanya menyampaikan laporan pemasukan MP dengan mengisis formulir kepada petugas karantina tumbuhan melalui counter yang tersedia dengan melampirkan dokumen sebagai berikut:
1. Lembar asli Phytosanitary certificate dari instansi Karantina Tumbuhan negara asal,
2. Lembar asli Surat Izin Pemasukan dari menteri pertanian (Khusus untuk pemasukan benih dan tanaman hidup)
Untuk MP yang berupa bibit tanaman, laporan pemasukan disampaikan selambat-lambatnya 5 hari sebelum MP tiba di tempat pemasukan, sedangkan untuk MP lainnya pelaporan dapat dilakukan pada saat tiba di tempat pemasukan.
Khusus untuk pemasukan buah-buahan dan sayuran buah segar hanya boleh dilakukan di pintu pemasukan yang ditetapkan yaitu: Pelabuhan Laut Tanjungpriok, Jakarta; Pelabuhan Laut Tanjungperak, Surabaya; Pelabuhan Laut Belawan, Medan; Pelabuhan Laut Batu Ampar, Batam; Bandar Udara Soekarno Hatta, Jakarta; Bandar Udara Ngurah Rai, Denpasar; dan Pelabuhan Laut Makasar. Sementara untuk pemasukan umbi lapis segar dari famili allium (bawang-bawangan) hanya boleh dilakukan di pintu pemasukan yang ditetapkan yaitu: Pelabuhan Laut Belawan, Medan; Pelabuhan Laut Tanjung Balai Asahan; Pelabuhan Laut Dumai, Riau; Pelabuhan Laut Batam; Pelabuhan Sungai Boom Baru, Palembang; Pelabuhan Laut Tanjung Priok, Jakarta; Pelabuhan Laut Tanjung Emas, Semarang; Pelabuhan Laut Tanjung Perak, Surabaya; Pelabuhan Laut Pontianak; Pelabuhan Laut Tarakan; Pelabuhan Laut Makasar; Pos Lintas Batas Entikong; Bandar Udara Soekarno, Hatta, Jakarta; dan Bandar Udara Ngurah Rai, Denpasar.
Pemasukan buah, sayuran buah segar dan umbi lapis segar ke dalam wilayah negara Republik Indonesia selain melalui pintu pemasukan tersebut DILARANG.
Petugas counter membukukan laporan pemasukan ke dalam buku agenda serta dilanjutkan dengan pemeriksaan kelengkapan, kebenaran, serta keabsyahan dokumen persyaratan oleh Petugas Karantina tumbuhan. Jika dokumen persyaratan tidak lengkap maka terhadap MP tersebut dilakukan penahanan dan kepada pemilik MP atau kuasanya akan diberikan surat penahanan. Selama MP dalam penahanan, pemilik MP atau kuasanya harus melengkapi semua dokumen yang dipersyaratkan.
Apabila dokumen persyaratan tersebut tidak dapat dilengkapi dalam waktu 14 hari, maka terhadap MP tersebut akan dilakukan penolakan dan kepada pemilik MP atau kuasanya diberikan surat penolakan. Apabila setelah 14 hari sejak diterimanya surat penolakan MP tersebut tidak dikirim kembali ke luar negeri (di re-eksport), maka terhadap MP tersebut dilakukan pemusnahan dan kepada pemilik atau kuasanya akan diberikan Surat Perintah Pemusnahan.
Apabila semua dokumen persyaratan dapat dilengkapi maka petugas karantina tumbuhan akan melakukan pemeriksaan fisik/kesehatan yang dilanjutkan dengan tindakan karantina tumbuhan lain yang diperlukan